Construida sobre el solar de unas termas romanas del siglo II, que fueron convertidas en palacio real por Ordoño II en el siglo X. Este palacio se donó luego a la Iglesia para erigir una basílica que el obispo don Pelayo reedificó de 1065 a 1073. En los primeros años del siglo XIII hubo necesidad de transformar el templo que resultaba insuficiente.
En tiempos del obispo Manrique de Lara, el maestro Enrique, que ya había trabajado en la catedral de Burgos, emprendió las obras: hay constancia de que en 1258 se estaba edificando la cabecera de lo que habría de ser un perfecto modelo del arte gótico, que quedaría concluido en el mismo siglo por el maestro Juan Pérez.
El claustro tiene dos partes, una gótica del siglo XIII y otra renacentista realizada en 1540 por Juan de Badajoz. Se accede a él a través de una portada gótica con puertas de nogal decoradas con relieves de gran calidad, como el de la anunciación que sido atribuido a Juan de Juni. En el claustro hay varias pinturas murales al temple realizadas por Nicolás Francés, numerosos sepulcros góticos y un altar plateresco que ejecutó Juan de Badajoz. Una gran escalera plateresca del mismo artista conduce a la sala capitular.
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